Chiesa e annesso convento sono da sempre appartenuti ai frati minori dell'Osservanza. L'attuale chiesa sorge dove era stata costruita da Alessandro Sforza come mausoleo di famiglia: già nel 1536 viene però demolita per far posto alle mura volute dal duca Francesco Maria I Della Rovere.

La riedificazione del complesso risale al 1543, affidata prima all'architetto Girolamo Genga (+1551), poi al figlio Bartolomeo (+1558). La lentezza dei lavori - che proseguono fino al 1656, anno della consacrazione - dipende, oltre che dalla cronica carenza finanziaria del ducato, anche dalla resistenza dei frati allo sfarzo del progetto in contrasto con il loro stile di povertà.

L’esterno rimarrà così incompiuto nella facciata e nei fianchi senza però pregiudicare il valore monumentale dell’edificio. L'interno, a croce latina, viene ristrutturato soprattutto nel corso del XVII secolo. Nel 1729 vengono demoliti quattro dei nove altari per restituire equilibrio all'ampia navata che assume così l'aspetto odierno. La chiesa diviene la preferita dai pesaresi; è qui che si trovano fino alla fine del XVIII secolo le tombe delle più illustri casate cittadine: Almerici, Antaldi, Baldassini, Gavardini, Perticari.

In base al decreto del 1860 che sopprime tutte le corporazioni religiose, i frati lasciano il convento che viene ceduto al Municipio nel 1867 e adibito a caserma e quartiere militare; così sarà anche durante le due guerre mondiali. Nel 1975 il ministro della Difesa Arnaldo Forlani dona alla città i locali dell'ex distretto militare, riservando il chiostro ai frati Minori.

testo liberamente tratto da: Giovanna Patrignani, Pesaro. La Radio storia della Città,  Pesaro, 2008, pp. 66-67

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